고가주택, 2년 이상 거주해야 1세대1주택 장특공제
거주요건 미충족시 일반 장특공제 적용돼 공제율↓
부득이한 경우 세대원이 거주해도 실제거주로 인정
“고가주택 양도시 2년 거주기간 체크해야”[세종=이데일리 조용석 기자] 2013년 5월 송파구 소재 주택을 6억원에 취득한 A씨는 해당 주택에는 거주하지 않다가 10년 뒤인 2023년 11월 20억원에 양도했다. 1세대1주택자인 A씨는 자신의 집이 고가주택(실거래가 12억원 초과)이긴 하나, 조정대상지역 지정 전에 샀고 10년이나 보유했기에 1세대1주택 장기보유특별공제(장특공제)가 적용될 것으로 생각했다.

하지만 세무사와 상담해보니 자신은 1세대1주택 장특공제가 아닌 일반 장특공제만 해당돼 예상보다 수천 만원 이상의 세금을 더 내야 한다는 사실을 듣고 큰 충격을 받았다.

지난해 12월 서울 중구 남산에서 바라본 아파트 단지 모습. (사진 = 뉴시스)

국세청이 최근 발간한 ‘국세청이 알려주는 양도소득세 실수톡톡’에 따르면, A씨가 일반 장특공제만 적용된 것은 2년 거주 요건을 총족하지 못했기 때문이다.

일반적으로 조정대상지역 지정 전 또는 비조정대상지역에서 주택을 취득했다면 1세대1주택 비과세를 적용을 위해 2년 이상 거주할 필요는 없다.

하지만 양도시점 기준 실거래가가 12억원이 넘는 고가주택이라면 거주요건을 충족했는지가 매우 중요하다. 장특공제 기준인 3년 보유를 충족했다고 해도 2년 이상 거주하지 않았다면 1세대1주택 장특공제가 아닌 일반 장특공제가 적용되기 때문이다.

구체적으로 A씨는 주택을 10년이나 소유했으나 거주기간이 없기에 보유기간 1년당 2%만 적용되는 일반 장특공제를 적용, 공제율은 20%(보유10년x2%)에 그친다. 반면 A씨가 2년만 거주 했더라면 보유기간 1년당 4%, 거주기간 1년당 4%가 적용되는 1세대1주택 장특공제가 적용돼 48%(보유10년x4%+거주2년x4%)의 공제율이 적용된다.

이에 따라 거주기간이 없는 A씨는 공제율 20%만 적용돼 양도세는 1억5226만원이다. 반면 A씨가 2년만 거주했다면 공제율 48%가 적용돼 8877만원의 양도세만 낼 수 있었다. 무려 6349만원을 절세할 수 있었던 셈이다.

(자료 = 국세청)

일반 장특공제는 3년 이상 보유 시 적용 가능하며, 최대 30%(15년 이상 보유)다. 반면 1세대1주택 장특공제 공제율은 10년 이상 보유 및 거주했다면 최대 80%(보유10년 40%, 거주10년 40%)를 받을 수 있다.

다만 거주요건을 충족을 위한 거주자가 반드시 세대주만 가능한 것은 아니다. 근무상형편, 사업상형편, 가정불화 등 부득이한 사유가 입증된다면 세대원이 거주해도 실제 거주기간으로 인정해준다. 아울러 취득시 주택이 조정대상지역에 있었다면 실거래가 12억원 이하라고 해도 2년 이상 거주를 해야 1세대1주택 비과세를 적용받을 수 있으니 유의해야 한다.

국세청 관계자는 “고가주택의 경우 1세대1주택 장특공제를 받기 위해서는 2년의 거주요건을 충족해야 하니 납세자들은 양도 전 체크해야 한다”고 말했다.